Comprendre la transmission et la visualisation des données fédérales durant la pandémie de COVID-19

Révisée le 23 juin 2020, 13h50
Dans cette Note de la Colline, tout changement d’importance depuis la dernière publication est indiqué en caractères gras.

(Available in English: Understanding Federal Data Reporting and Visualization During the COVID-19 Pandemic)

La pandémie de COVID-19 a notamment donné lieu à une démarche inédite pour collecter les données sur les cas et ainsi analyser la propagation de la maladie afin de mieux intervenir. Une partie des résultats a été rendue publique au moyen de graphiques et de cartes. La présente Note de la Colline fournit des explications et fait part de considérations importantes sur la collecte, la visualisation et l’interprétation de ces données, en particulier dans les systèmes d’information fédéraux sur la santé publique.

Le Canada s’est doté d’un plan de lutte contre les pandémies en 1988, qui a été mis plusieurs fois à jour selon les événements dans le monde et les avancées médicales, scientifiques et technologiques. Le plan s’intitule Préparation du Canada en cas de grippe pandémique : Guide de planification pour le secteur de la santé, ou PCGP, que l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) est chargée de perfectionner et de maintenir.

La surveillance fait partie des principaux éléments de la préparation et de l’intervention décrits dans le PCGP. La surveillance d’une pandémie contribue à effectuer une détection précoce, à éclairer l’analyse de la propagation du virus dans les régions et populations en plus d’aider à évaluer la gravité clinique d’une maladie par le dénombrement des hospitalisations, des admissions aux soins intensifs et des décès. Même si le nouveau coronavirus diffère du virus de l’influenza, les conseils du PCGP, notamment sur la collecte de données, sont tout aussi valables.

Quelles données sur les cas sont-elles recueillies?

Le formulaire de déclaration en cas d’infection de la COVID-19 fourni par l’ASPC oriente la collecte de données effectuée par les bureaux de santé publique provinciaux et territoriaux. Il comporte des questions très diverses auxquelles les bureaux ne sont pas obligés de répondre. Cependant, ils devront à tout le moins fournir les données suivantes :

  • la province ou le territoire faisant la déclaration;
  • la classification des cas (confirmés ou probables);
  • les détails du cas (âge, sexe, profession);
  • les symptômes, dont la date de leur apparition;
  • les conditions préexistantes et les facteurs de risques;
  • l’évolution clinique de la maladie et les résultats;
  • les données de laboratoire;
  • le résumé de l’exposition et des contacts.

Comment les données sur les cas sont-elles signalées et diffusées?

La diffusion rapide et efficace des données sur les cas appelle la collaboration de tous les ordres de gouvernement. En 2016, les ministres de la Santé du gouvernement fédéral ainsi que des provinces et territoires ont signé l’Entente multilatérale sur l’échange de renseignements (EMER) afin de simplifier la collecte et la diffusion des données et d’optimiser la surveillance et la gestion pancanadienne des crises de santé publique.

L’EMER énonce plusieurs obligations de toutes les parties à moins qu’une loi canadienne, provinciale ou territoriale les en empêche. Dans ses annexes, il dicte les principes que les parties sont tenues de respecter dans la mesure du possible.

L’ASPC dispose d’une stratégie de surveillance des données sur la santé, qui énonce les principes directeurs de la collecte et de la modélisation des données sur la pandémie et, s’il y a lieu, leur transmission aux partenaires externes comme l’OMS, tout en respectant leur confidentialité.

En réaction à la pandémie de COVID-19, le gouvernement fédéral a publié ses lignes directrices nationales provisoires, qui recommandent la collecte et la consignation locales des données sur les cas susmentionnées, à l’exception des résultats des tests de dépistage. Selon les lignes directrices, les prélèvements sont envoyés aux laboratoires autorisés de santé publique. Toutes ces données sont ensuite transmises aux autorités provinciales et territoriales de santé publique, qui les communiquent à leur tour à l’ASPC dans les 24 heures aux fins d’analyse. Le processus se divise en deux : la collecte de données et l’essai en laboratoire.

Processus de déclaration à l’échelle nationale de l’infection humaine par la COVID-19

 

La figure 1 est un diagramme illustrant le processus de déclaration nationale des cas d’infection humaine par la COVID-19. Lorsqu’un patient est évalué dans un établissement de soins de santé en tant que personne faisant l’objet d’une enquête (POE), un échantillon est envoyé au laboratoire provincial pour des essais, tandis que l’autorité locale de santé publique recueille les détails du cas et mène des enquêtes (jusqu’à ce que des données probantes justifient d’exclure le patient en tant que cas potentiel), et transmet les informations du cas à l’autorité de santé publique provinciale ou territoriale. Si le résultat des essais du laboratoire provincial est négatif, le laboratoire provincial transmet le résultat à l’autorité de santé publique provinciale ou territoriale, et le cas est exclu. Si les résultats des essais provinciaux ne sont pas disponibles, ne sont pas concluants ou sont négatifs (si la qualité ou le moment du prélèvement est suspect), le laboratoire provincial achemine l’échantillon au Laboratoire national de microbiologie (LNM) pour d’autres essais et confirmations. Si les résultats des essais provinciaux sont positifs, le laboratoire provincial transmet l’échantillon au LNM pour être confirmé et avise l’autorité de santé publique provinciale ou territoriale d’un cas probable. Le LNM transmet le résultat de confirmation au laboratoire provincial et à l’autorité de santé publique provinciale ou territoriale. Si le résultat des essais du laboratoire provincial est négatif, le laboratoire provincial transmet le résultat à l’autorité de santé publique provinciale ou territoriale, et le cas est exclu. Si les résultats des essais provinciaux ne sont pas disponibles, ne sont pas concluants ou sont négatifs (si la qualité ou le moment du prélèvement est suspect), le laboratoire provincial achemine l’échantillon au Laboratoire national de microbiologie (LNM) pour d’autres essais et confirmations. Si les résultats des essais provinciaux sont positifs, le laboratoire provincial transmet l’échantillon au LNM pour être confirmé et avise l’autorité de santé publique provinciale ou territoriale d’un cas probable. Le LNM transmet le résultat de confirmation au laboratoire provincial et à l’autorité de santé publique provinciale ou territoriale. Si le test de confirmation est négatif, l’autorité de santé publique provinciale ou territoriale exclut le cas ou informe l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) du changement de statut (exclusion) du cas probable. Si le test de confirmation est positif, l’autorité de santé publique provinciale ou territoriale informe l’ASPC du nouveau cas confirmé ou informe l’ASPC du changement de statut de cas probable à cas confirmé. Dans les 24 heures suivant la notification par la province ou le territoire du cas probable ou confirmé, l’autorité de santé publique provinciale ou territoriale remplit un formulaire de déclaration de cas et l’envoie à l’ASPC. L’ASPC avise alors l’Organisation panaméricaine de la Santé/Organisation mondiale de la Santé (OPS/OMS) du cas probable ou confirmé par l’entremise du point focal national du Règlement sanitaire international (PFN du RSI) dans les 24 heures suivant la notification nationale en vertu de l’article 6, avec copie aux États-Unis et au Mexique.

Note : L’abréviation POE signifie « personne faisant l’objet d’une enquête ».
Source : Gouvernement du Canada, Lignes directrices nationales provisoires en matière de surveillance de l’infection humaine par la maladie à coronavirus (COVID-19), Figure 1, 20 février 2020.

Que nous révèlent les données?

Le nombre de cas donne des indices sur la distribution de la maladie, mais d’autres facteurs entrent en considération, dont le nombre de tests effectués, la proportion et le segment de la population qui se fait dépister et la population totale d’une région.

Les taux et proportion illustrent mieux la prévalence et l’incidence de la maladie en établissant :

  • le pourcentage de cas par les facteurs démographiques (p. ex. l’âge, le sexe ou genre, et l’ethnie);
  • le pourcentage de cas selon les symptômes;
  • le taux d’hospitalisations;
  • le taux de mortalité clinique.

Considérations importantes

Plusieurs raisons expliquent la variabilité des données transmises par les provinces et territoires :

  • le nombre de tests et de ressources pour les administrer;
  • le dépistage irrégulier et les retards dans la transmission des données;
  • les critères différents pour le dépistage et/ou la divergence avec les lignes directrices nationales des définitions de cas;
  • la révision des critères pour le dépistage au fil du temps, qui se solde par des hausses de cas signalés;
  • les renseignements incomplets sur les décès et le signalement.

Tableaux et graphiques

(Exemples fournis à titre indicatif seulement; veuillez utiliser les sources de données pour obtenir les chiffres les plus récents.)

Les données recueillies sur la pandémie de COVID-19 évoluent. Par exemple, les graphiques de l’ASPC incluent des ombres indiquant un délai à l’intérieur duquel de nouveaux cas pourraient être apparus, mais ne pas encore avoir été signalés.

Les personnes sont plus que de simples chiffres

Les taux d’hospitalisation et de recours aux soins intensifs peuvent révéler les effets de la maladie sur les différents groupes de la population. Dans l’ensemble, on remarque que la gravité de la maladie augmente avec l’âge.

Distribution des groupes d’âge des cas de COVID-19 hospitalisés, admis aux soins intensifs et décédés au Canada, en date du 21 juin

Diagramme à bandes illustrant le pourcentage de cas de COVID-19 hospitalisés, admis en soins intensifs et les cas décédés, par groupe d’âge en date du 21 juin 2020. L’axe des ordonnées est gradué de 0 à 100 %, et celui des abscisses présente les divers groupes d’âge. Le diagramme met en relief les effets de la maladie sur les différents groupes de la population par catégorie. D’après les données de l’ASPC, près de 50 % de tous les patients déclarés atteints de la COVID-19 admis en soins intensifs sont âgés de 60 à 79 ans, plus que 30 % des patients admis en soins intensifs sont de 40 à 59 ans, et les patients âgés de plus que 80 ans ont le taux plus élevé de mortalité clinique. Dans l’ensemble, on remarque que la gravité de la maladie augmente avec l’âge. Les données ont été consultées le 22 juin 2020.

Source : Agence de la santé publique du Canada, Mise à jour quotidienne sur l’épidémiologie, La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) figure 4. Consulté le 22 juin 2020.

Jusqu’à présent, on compte un plus grand nombre de cas déclarés de la COVID-19 chez les femmes que chez les hommes, mais ces derniers tendent davantage à présenter des symptômes graves.

La COVID-19 selon les sexes

Diagramme à bandes illustrant le nombre de cas déclarés, d’hospitalisations, d’admissions aux soins intensifs et de décès, ventilés par sexe. Jusqu’à présent, on compte un plus grand nombre de cas déclarés de la COVID-19 chez les femmes que chez les hommes, mais ces derniers tendent davantage à présenter des symptômes graves. Les données ont été consultées le 22 juin 2020.

Source : Graphique préparé par les auteurs à partir des données tirées de l’Agence de la santé publique du Canada, Mise à jour quotidienne sur l’épidémiologie, tableaux 3 et 4, La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). Consulté le 22 juin 2020.

Comparaison

Il est plus facile de comparer des tableaux lorsque l’axe des ordonnées (axe vertical) est le même pour plusieurs tableaux. Nous pouvons le constater en examinant la courbe épidémiologique des cas au fil du temps dans toutes les provinces, selon une échelle relative pour laquelle les axes des ordonnées sont tous les mêmes.

Comparaison de données portant sur une vaste gamme d’éléments

Lorsque les données portent sur une vaste gamme d’éléments, on peut les modifier à l’aide d’une échelle logarithmique [en anglais seulement] pour en faciliter la comparaison. L’axe des ordonnées est calculé de manière à ce que la distance entre 0 et 1 soit la même que celle entre 1 et 10, 10 et 100 ou entre 100 et 1 000. L’utilisation comme point de référence du 100e cas déclaré et la vérification quotidienne du nombre de nouveaux cas à partir de ce moment contribuent à illustrer le rythme d’évolution de la maladie.

Nombres quotidiens de nouveaux cas de COVID-19 au Canada et dans d’autres pays
(moyenne mobile sur sept jours, rajustée en fonction de la population)

Graphique linéaire indiquant le nombre quotidien de nouveaux cas de COVID-19, jusqu’au 17 juin, pour plusieurs des pays depuis leurs 100ième cas. Les données ont été consultées le 22 juin 2020.

Source : Agence de la santé publique du Canada, La COVID-19 au Canada, Mise à jour quotidienne sur l’épidémiologie, figure 13. Consulté le 22 juin 2020.
Note : Il demeure difficile [en anglais seulement] de comparer les données entre les pays en raison des différences qui existent sur le plan de leur situation géographique, de leur densité démographique, ainsi que de leur régime de dépistage et de collecte de données.

Cartes

Les cartes sont principalement utilisées à titre indicatif pour donner un aperçu du nombre de cas ou des taux d’incidence.

Dans l’interprétation des cartes de données concernant la pandémie, il faut tenir compte des points suivants :

  • Les cercles proportionnels devraient servir à indiquer des nombres.
  • Les cartes à zones ombrées devraient servir à établir des taux.
  • Le nombre de tests positifs ne doit pas nécessairement être interprété comme un risque de maladie.
  • Généralement, les endroits à forte densité démographique, où la surpopulation est la norme, favorisent la transmission des maladies infectieuses d’une personne à l’autre.
  • La comparaison entre les pays doit être effectuée avec prudence lorsque les échelles varient à l’intérieur d’une carte, comme des dénombrements nationaux près de dénombrements infranationaux.
  • Les différences qui existent entre les nombres de cas dans des pays voisins peuvent découler d’une variation entre leur capacité de dépistage, leurs critères et leurs pratiques en matière de production de rapports.

Dans le Tableau de bord de la connaissance de la situation COVID-19 du Canada, le nombre total de cas est illustré à l’aide de cercles proportionnels par province ainsi que du taux pour 100 000 habitants, avec un fond ombré permettant de bien comparer les provinces et les territoires les uns avec les autres. Le tableau de bord de la situation de la COVID-19 dans le monde réalisé par l’Université Johns Hopkins [en anglais seulement], quant à lui, est utilisé la plupart du temps pour les données mondiales. Il illustre les taux d’incidence pour 100 000 habitants, les taux de mortalité, les taux d’hospitalisation et d’autres indicateurs.

Ressources supplémentaires

Centers for Disease Control and Prevention, « Principles of Epidemiology in Public Health Practice: An Introduction to Applied Epidemiology and Biostatistics », 2006 [en anglais seulement].

Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, Guidelines for presentation of surveillance data, Stockholm : ECDC, 2018 [en anglais seulement].

Henry, B. « Canada’s Pandemic Influenza Preparedness : Surveillance strategy », Implementation Science, 2018 [en anglais seulement].

Agence de la santé publique du Canada, Surveillance de la santé publique.

RSS Statistical Ambassadors, « A statistician’s guide to coronavirus numbers », Significance, 2020 [en anglais seulement].

Tiedemann, M., « Projet de loi C-5 : Loi sur l’agence de la santé publique du Canada », Bibliothèque du Parlement, 2006.

Yong, Ed., « Why the Coronavirus Is So Confusing », The Atlantic, 2020 [en anglais seulement].

Auteures : Sonya Norris et Mélanie Zahab, Bibliothèque du Parlement